Técnica de secuenciación para Ascariasis

Se empleó la secuenciación para investigar la diversidad genética y la estructura genética de la población de especímenes de Ascaris de humanos y cerdos a través del gen de la COX-1 mitocondrial. Obteniendo bibliotecas de genoma de extremo emparejado: sesenta y ocho muestras de ADN de A. lumbricoides se secuenciaron utilizando la secuenciación de extremo emparejado de lectura corta De Illumina HiSeq 2500. El ADN fue cuantificado por UV Spec y Picogreen. Se utilizó un 100 ng de ADN basado en la cuantificación picogreen como plantilla para la preparación de la biblioteca NGS utilizando el kit de preparación de la biblioteca de muestras de ADN TruSeq Nano sin modificaciones. Los primeros dimers en las bibliotecas fueron eliminados por purificación adicional de cuentas AMPure. La secuenciación se realizó para obtener una profundidad genómica mínima de cobertura 20X para cada muestra. 

Como resultado se da que A. suum y A. lumbricoides forman un complejo genético que es capaz de entrecruzarse, formando un híbrido de la especie, con este conocimiento se puede utilizar para diseñar estrategias de control de Ascaris.

Figura 1: Filogenética de Ascaris spp basada en secuencias mitocondriales.

Figura 2: Diversidad genética de los especímenes de Ascaris.

Referencias:

Easton A, Gao S, Lawton S, Bennuru S, Khan A, Dahlstrom E et al. Molecular evidence of hybridization between pig and human Ascaris indicates an interbred species complex infecting humans. eLife [Internet]. 2020 [citado el 31 de enero del 2021];9. Disponible en: https://elifesciences.org/articles/61562#abstract